До кінця 1944 р люфтваффе отримали 214 Не 219 (108 поступили з Швехата і 106 з Маріене), але ухвалення в листопаді "термінової винищувальної програми" означало вирок всім двомоторним, поршневим винищувачам, за винятком Do 335 "Пфайль". Правда, виробництво Не 219 не припинилося негайно, як це передбачалося програмою - Хейнкель фактично ігнорував наказ РЛМ і ввів в дію ще одну складальну лінію Не 219 в Оранієнбурзі. Проте вдалося випустити ще тільки 54 Не 219, разом з якими в бойові частини поступили 20 спішно переобладнаних дослідних машин.З початку 1945 р сили I/NJG 1 постійно скорочувалися. 21 березня на його базу в Хандорфі були скинуті тисячі бомб, а наступного дня база штурмувалася чотири години підряд. Сім літаків групи було знищено, а ще 13 пошкоджені. Щоб уникнути подібних нальотів надалі, група була переведена до Бремена, але, оскільки аеродром не був підготовлений для нічних польотів, частина була знов переведена вже у Вестерлянд, куди вона прибула 1 квітня. До цього часу група скоротилася до однієї ескадрильї під командуванням капітана Бааке. 9 квітня в ній був отриманий наказ як піхота зайняти оборону на межі Шлезвіга, але перш ніж прибула туди, війна вже закінчилася.Штаб NJG 1, що мав Не 219 і Bf 110, залишався на Еггебекке разом з 4-ою, 7-ою і 10-ою ескадрильями з Bf 110 в 2-ій винищувальній дивізії люфтваффе. З останніх ескадрилей тільки 7-а мала Не 219 разом з Ju 88 і Bf 110.До моменту ухвалення "термінової винищувальної програми" було розроблено декілька варіантів Не 219 і навіть готувалося їх виробництво. Протягом 1941 р конструктори "Хейнкеля" приступили до розробки багатоцільового літака "проект 1065", що передбачав використання декількох компоновок від звичайної з двома двигунами BMW 801, до такої екзотики, як несиметричний літак з одним 32-циліндровим двигуном рідинного охолоджування DB 619, що був також в проекті. Один з найбільш "класичних" варіантів "проекту 1065" привернув інтерес Технічного департаменту і отримав позначення Не 319. Це був двохруховий літак з DB 603A, здатний виконувати завдання швидкісного бомбардувальника і нічного винищувача. На початку 1942 р цікавив в першу чергу останній варіант. У Маріені був виготовлений макет нічного винищувача Не 319. Восени почалися роботи над Не 319 VI, який повинен був мати озброєння з чотирьох 30-мм гармат МК 108. Проте, після нальоту на Маріене в листопаді 1942 р роботи по Не 319 були припинені, і зосередилися на доведенні Не 219 і нового проекту Не 419 - висотного винищувача, дослідний варіант якого полетів в 1944 р.На Не 419 VI (або Не 419А-0) використовували фюзеляж і оперення Не 219А-5 з парою DB 603G і подовженим крилом площею 55,3 м . Серійна модель Не 419А-1 повинна була мати нову хвостову частину і нове оперення з одним кілем. Але перевага була віддана Не 419В-1/R1 з фюзеляжем від Не 219А-5 з оперенням за зразком Не 319. Крило мало ще більшу площу - до 58,8 м . Двигуни DB 603G планувалися з турбокомпресорами. Озброєння складалося з двох 20-мм гармат MG 151 в корені крил і чотири 30-мм МК 108 в нижньому обтічнику. Тривалість польоту оцінювалася в 2,15 години при швидкості 675 км/год на висоті 13600 м. Шість Не 419B-1/R1 були реально побудовані з використанням фюзеляжу Не 219А-5, але їх доля не відома.У червні 1944 р Альберт Шпєєр підтвердив продовження виробництва Не 219. Почалася "операція Не 219" - роботи по поліпшенню льотних даних винищувача без затримок в роботі складальних ліній. Головним нововведенням була установка 2 4-циліндрових, радіальних двигунів рідинного охолоджування Jumo 222, що видавали на злеті 2500 к.с. Але конструктори довго не могли справитися з "дитячими хворобами" цього двигуна. З декількох випущених двигунів два були встановлені на Не 219. Літак KZ+RZ випробовувався під позначенням Не 219А-7/R6 в кінці літа 1944 р. Була показана швидкість 700 км/год.Jumo 222 планувалося ставити на висотний, тримісний Не 219В-1, але недоліки двигуна "Юнкерса" примусили вибрати для єдиного екземпляра DB бозаа. Не 219В-1 мав більш згладжений ліхтар кабіни, фюзеляж був подовжений до 16,3 м. Крило мало розмах 22,1 м. Площа крила склала 49,8 м . Гондоли двигунів були рознесені до 5,8 м. Випробування закінчилися дуже швидко - в другому польоті при посадці склалася стійка шасі. Літак відновленню не підлягав. Другий літак серії В - Не 219В-2 призначався спеціально для боротьби з "Москіто".Подібне Не 219А-6 з нього було знято все бронювання. Був використаний двомісний фюзеляж Не 219А-5 з великим крилом від серії В. Первоначально планувалося встановити двигуни DB 603 з турбокомпресором ТК 13, але перший екземпляр полетів з двигуном DB 603Аа. Ще декілька літаків цього типу отримали двигуни DB 603L.Ці машини поставлялися у війська з озброєнням з двох 20-мм гармат MG 151 в корені крила і два 30-мм МК 108 в установці "шраге мюзік". Не 219В-3 відрізнявся від попередника підфюзеляжною установкою два 30-мм гармат МК 108 і два 20-мм MG 151. Він повинен був отримати два двигуни DB 603L, але Технічний департамент запропонував почекати постачань Jurno 222. Оскільки двигуни "Юнкерса" поставлені не були, Не 219В-3 так і не полетів.У травні 1944 р конструктори в Швехаті приступили до роботи над ще двома варіантами нічного винищувача Не 219С-1 і винищувача-бомбардувальника Не 219С-2. Якщо серія В відрізнялася від серії А тільки крилом, то серія С отримала ще і новий фюзеляж з розміщенням чотирьох членів екіпажа, з новим оперенням і новими стійками шасі. Носова частина фюзеляжу була зроблена більш аеродинамічно чистою. У ній розміщувалися три члени екіпажа. Задня частина фюзеляжу мала прямокутний перетин і закінчувалася герметизованою баштою "Рейнметалл-борзіг" HDL 131V з чотирма 13-мм кулеметами MG 131.Підфюзеляжна установка гармат була знята, дві 30-мм гармат МК 108 встановлювалися під кабіною на Не 219С-1, а на Не 219С-2 вони замінювалися на МК 103. Перший також мав в корені крила пару 20-мм гармат MG 151 і дві МК 108 в "Шраге мюзік" відразу за кабіною. Останній мав утримувачі під фюзеляжем на три 500-кг бомб. Башта HDL 131V була добре броньована, але тісною. Дослідні Не 219С-1 і С-2 були побудовані, але не літали з тієї ж причини, що і Не 219В-3 - вони не дочекалися двигунів Jumo 222. Порожній Не 219С-1 важив 12080 кг, а злітна вага була - 16100 кг Швидкість оцінювалася в 670 км/год, дальність польоту - в 1800 км. при швидкості 500 км/год, скоропідйомність - 8,4 м/с, а потолок - 12000 м. Не 219С-2 важив відповідно 11900 і 17300 кг, а льотні дані без бомб -як у С-1.Ще одним варіантом Не 219, дійшов до реального проектування став Ні 211 - висотний стратегічний розвідник, запропонований на початку 1944 р конструктором ряду вдалих планерів Нюттером. Нu 211 передбачав використання фюзеляжу Не 219 з дерев'яним крилом з ламінарним профілем і подовженням 15:1. Двигуни були два Jumo 222 з уприскуванням MW 50. У крилі розміщувалися 3600 л палива і ще 5000 л було у фюзеляжі. Устаткування включало фотокамери в хвостових частинах мотогондол, третя камера була у фюзеляжі. Озброєння складалося з двох 20-мм гармат MG 151 вперед. У хвості розташовувався гальмівний парашут.Розмах крила Ні 211 був 24,5 м, а площа - 39,8 м, а порожня і злітна вага оцінювалася в 9125 кг і 17515 кг, швидкість на висоті 7900 м - в 705 км/год, дальність польоту - 8000 км., а потолок - 13000 м. Роботи почалися із збірки двох пар крил. Вони були майже готові, пройшли статичні випробування, і для них вже переробляли планер Не 219. У листопаді 1944 р Хейнкель зажадав передати йому керівництво над цим проектом, але до цього справа не дійшла - завод, де були зібрані крила, розбомбили.У одній з останніх доповідей, підготовлених до кінця війни, наголошувалося, що Не 219 був в багатьох аспектах видатним літаком, практично без яких-небудь проблем з освоєнням в стройових частинах на відміну від багатьох інших машин. Але коливання Технічного департаменту і неприйняття Мільхом не дозволили йому зіграти істотної ролі в обороні нічного неба над "третім рейхом".